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萬人坑遺址內的骸骨於1985年被發現，而在1998年更發現多208副骸骨，它們現在被存放在棺槨狀的遺骨陳列室內展出。2006年4月21日也發現了另外19副新的骸骨，經南京市文物局專家進行考古和史學鑒定後，確定這是南京大屠殺遇難者遺骸。